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　　Prototype《基因任務》的敘事手法很特別，以倒敘與記憶片斷交錯的方式構筑出整段故事，看似破碎的故事其實環環相扣，首尾呼應。以下劇情解析由主線劇情以及陰謀網絡（Web of Intrigue）歸納而成，強烈建議全破一輪后再行閱讀。我們先從游戲主線劇情開始，將各章節與任務的劇情推展約略解釋一遍：

﹝以下嚴重透露劇情﹞

Episode 1

Memory in Death

教學任務，病毒擴散的第18天。

Unexpected Family

病毒擴散首日。有人在Penn Station釋放不明病毒。 Alex Mercer的尸體在解剖臺上蘇醒，對所發生的事情沒有任何記憶。吞噬Blackwatch追兵后，Alex Mercer記起自己有個妹妹，Dana Mercer。

Episode 2

Past and Present

Alex Mercer試圖回自宅尋找線索，向事件的原兇進行復仇，卻正中Blackwatch的埋伏。

Behind the Glass

Dana從Alex的電腦中找到Elizabeth Greene這個名字。 Alex進入Gentek設施后導致Elizabeth Greene脫逃，造成曼哈頓區第二波病毒感染。

Episode 3

The Wheels of Chance

Alex Mercer尋求前女友暨Gentek員工，Karen Parker的協助。

A New Order

Karen Parker發現感染源來自兩支不同的病毒株。

Episode 4

Open Conspiracy

核能空母USS Reagan抵達哈德遜灣（Hudson Bay），Blackwatch提高動員層級。

In the Web

Blackwatch在市區內大規模部署病毒偵測裝置。 Gentek主席Raymond McMullen提供Blackwatch可消滅Alex Mercer體內病毒的病原體。

The Altered World

Alex Mercer擾亂病毒偵測裝置，意圖接近McMullen，結局以失敗收場。

Errand Boy

Karen Parker背叛Alex Mercer。 Alex Mercer被Blackwatch的隊長Robert Cross注入病原體，喪失部分能力。

Episode 5

Under the Knife

病原體開始寄生并侵蝕Alex Mercer。 Alex前往圣保羅醫院，找上同為前Gentek員工的Ragland醫生，請求他的協助。

The Stolen Body

Alex Mercer與Ragland醫生滲透進軍事基地，調查Penn Station病毒感染者的遺體。

Biological Imperative

利用Hunter作為培養體，Ragland醫生成功制造出對抗病原體的抗體。 Alex Mercer恢復原先的能力。

Episode 6

The Door in the Wall

Dana被不明Hunter綁走。曼哈頓感染程度持續上升。

First and Last Things

Alex Mercer制服Leader Hunter。

The First Monster

Alex Mercer吞噬Leader Hunter，進一步找出綁架Dana的變種hunter，將其吞吃后獲知Dana的所在。

Making the Future

利用軍方的火力，Alex Mercer進入核心巢穴尋找Dana。

Children of Blacklight

核心巢穴的中心，是Blacklight病毒的核心帶原者Elizabeth Greene。 Alex Mercer將病原體注入Greene，卻被Greene排出體外，并形成Supreme Hunter。 Alex Mercer成功救出Dana，但她陷入昏迷。

Episode 7

Men Like Gods

一名身分不明的人士向Alex Mercer透露病毒的起源。同時，軍方從空中散布病毒抗體Bloodtox，并導入使用病毒技術的超級士兵。

Dream of Armageddon

軍方進一步在地面部屬Bloodtox散布裝置。出于自保，Alex Mercer企圖顛覆Bloodtox的散布行動。

A World Set Free

軍方打算利用特殊幫浦將Bloodtox打至地底，消滅躲藏的感染體。 Alex Mercer偽裝成士兵進行護送。

Episode 8

Things to Come

幫浦就位，大量的Hunter與Hydra感染體從地底涌出。

On Instinct

躲藏在地底下的Elizabeth Greene現身，被Alex Mercer擊殺并吞噬。

Shock and Awe

Elizabeth Greene已被消滅，Alex Mercer企圖摧毀Bloodtox的生產設施，佯裝失手后與McMullen對質。 McMullen為了不讓Alex Mercer奪取記憶，舉槍自盡。

Episode 9

The Last Man

Alex Mercer的匿名連絡人身分揭曉，他是Blackwatch的隊長，Robert Cross。軍方開始撤離紐約市，并打算在市區引爆核彈以消滅病毒。 Alex Mercer開始追蹤地面部隊的領袖。

Two Tickets

Alex Mercer將抗命逃亡的Ian Taggart吞噬掉。 Alex變化為Taggart的外觀，與Cross兩人成功登上哈德遜港外的USS Reagan。

終章

One Thousand Suns

Alex Mercer吸收了主導者Peter Randall將軍。軍隊領袖與感染核心Elizabeth Greene都被消滅，扮成Cross的Supreme Hunter現出真面目，企圖吞噬Alex。消滅Supreme Hunter后，Alex將倒數引爆中的核彈載離紐約，沉入水底。核彈的威力將他炸飛，尸身的碎片在曼哈頓島上吸收其他生物體，Alex Mercer二度復活。

以上就是游戲的基本劇情流程，但是上述的敘述法有個致命的錯誤：Alex Mercer早在游戲開始前的Penn Station事件中就死了，自認是Alex Mercer的男子，其實只是吞噬了Alex的尸體以及部分記憶的Blacklight實驗病毒原型（prototype）。 Alex Mercer早就不存在了，玩家所操控的游戲主角，是以Alex Mercer的外觀與部分記憶作為預設值的「Prototype」生物體。故事的趣味由此而生：Prototype自以為是Alex Mercer，但是卻不知道真正的Alex Mercer究竟作了些什么、在整起生化災難中扮演什么角色，它基于錯誤的認知而展開復仇行動，因而導致更大的災禍。

那么，要理解整個《Prototype》的劇情，第一件事就是要弄清楚Alex Mercer的身分。

Alex Mercer究竟是誰？

Alex Mercer是生物科技公司Gentek旗下的生化武器計畫之一，Blacklight（黑光計畫）的研究員。 Blacklight的目的是利用特殊生物樣本，也就是Elizabeth Greene，研發出針對性的病毒武器，是政府／軍方出資的黑計畫。由于Blacklight計畫風聲走漏，軍方決定派出病毒／生化危機處理小組Blackwatch（黑色守望）將整個計畫封鎖，并處理掉所有的相關人事。 Alex Mercer察覺事情不對勁，便開始私下調查，并且利用自己的妹妹，要求她從外部協助。

當Alex發現軍隊將肅清Blacklight／Gentek后，他決定自保。他把收集到的資料（筆記型電腦）寄給妹妹，自己則把Blacklight病毒偷出實驗室，認為這樣就能要脅軍方。然而，Blackwatch在Penn Station找到了他，而且無意妥協；眼看自己無路可逃，注定命喪于此，Alex Mercer決定拖全紐約市的人一起陪葬，打破了裝滿Blacklight病毒的試管。雖然Blackwatch立即將他槍殺，但為時已晚，病毒已經散布了出去，開始感染紐約市民。 Alex Mercer當場死亡，現場的高濃度Blacklight病毒吞噬了他的尸體以及零碎的記憶，成為Prototype（Blacklight原型體）。

Alex Mercer的尸體是Prototype第一個吞噬的對象，因此他的外觀成為Prototype的預設外表；而且，就和游戲中Prototype吞噬其他人所獲得的記憶片斷一樣，Prototype只取得了Alex Mercer一部分的殘余記憶（乃至于人格），這也就是游戲開始時Prototype／偽Alex Mercer會「失去記憶」的原因。 Prototype對失去記憶／病毒感染的始作俑者懷抱著的莫名復仇心，也能從Prototype還殘存著Alex Mercer生前對Gentek／軍方抱持的畏懼與恨意來解釋。

Elizabeth Greene又是誰？她和Blacklight（Prototype）有什么關系？

1963年，美國軍方在愛達荷州的荷普鎮（Hope，Idaho）進行特殊進化病毒實驗，以動物作為實驗對象。 1964年，軍方開始人體實驗，將病毒（日后的Blacklight）注入所有荷普鎮民的體內，原本的目的只是為了開發出可針對特定人種／種族生效的病毒武器。起初沒有任何的變化（除了1965年出生的嬰兒體內出現分化的新種病毒），直到1968年，鎮民開始出現奇異的集體行為，接下來全鎮瞬間陷入病毒感染，感染的核心就是19歲的Elizabeth Greene。軍方殺害了所有的感染者，只留下Elizabeth Greene，并將她拘禁起來，繼續病毒研究。作為19歲高加索人種女性的Elizabeth Greene已經不存在，軍方／Gentek所囚禁的是具有Elizabeth Greene外觀的Blacklight病毒綜合體，這個病毒綜合體擁有集體意識，能控制其他的感染者，與荷普鎮的情況相同。

由劇情中Karen Parker發現兩種病毒來研判，Alex Mercer竊走Blacklight的病毒應該是Elizabeth Greene體內Blacklight母株的分支、變種或改造株，這也是Elizabeth Greene對Prototype／偽Alex Mercer說「我是你的母親」的原因。

Elizabeth Greene于1969年感染爆發時懷有身孕，她與她的兒子（代號Pariah）在荷普鎮事件后均為軍方所接管。荷普鎮鎮壓行動的負責人為現今時間點鎮壓紐約感染的Peter Randall將軍，時為中尉，當時他因為左手在接觸Elizabeth Greene／Pariah時遭到感染，而自斷一臂。

Karen Parker不是Alex Mercer的女友嗎？為什么會突然背叛他？

Karen Parker和Alex Mercer都是Gentek的員工，在Gentek創辦人Raymond McMullen手下工作。感染爆發后，Karen Parker成為軍方肅清的對象，逃亡失敗而被Blackwatch捕獲。為了自保，她和軍方合作，利用Prototype記憶里殘存的愛情印象，臥底監控Prototype的行動。她并沒有背叛Alex Mercer；她很清楚Alex Mercer已經死在Penn Station。出現在她面前、向她求援的是病毒綜合體Prototype。

在游戲中，玩家達成特定條件后可以找到Karen Parker，向她復仇。

Ragland醫生是誰？為什么他會知道Prototype／偽Alex Mercer身上的病毒，而且還能制作抗體？

Bradley Ragland是生醫領域的專家，曾因為拒絕為Gentek工作而被全面封殺。他后來轉而進入病理學界，在圣保羅醫院擔任病理學家，長達十年。曼哈頓爆發病毒感染后，他率先察覺事有蹊蹺，試圖回報疾病通報體系，卻被軍方／Gentek暗中阻撓。他想帶著病毒樣本逃出紐約時遭到Blackwatch攔截，Raymond McMullen（McMullen當年封殺Ragland在生醫界的前途）允許他繼續研究病毒，條件是不得向外通報或泄漏任何有關Blacklight的消息。

Cross為什么最后會變成Supreme Hunter？他何時被感染／吸收的？ Supreme Hunter到底是什么鬼玩意？

Supreme Hunter源自用來對付Prototype的病原體。 Robert Cross用針筒將病原體注入Prototype／偽Alex Mercer的體內，開始以寄生體的方式侵蝕Prototype。但Prototype藉由Ragland的協助，將寄生體排出體外，這支寄生體后來被Prototype當成對抗Elizabeth Greene的武器，但是卻無法產生效用。病原體被Greene轉化后排出體外，成為Supreme Hunter。

它具備吞噬與吸收的能力（極可能是因為寄生Prototype而來），這點可以從與Prototype首戰之后，Supreme Hunter碎裂的尸塊仍具生命力而得知；雖然游戲中沒有明確透露Robert Cross被吸收的時間點，但Cross開始匿名接觸Prototype前極有可能已被感染／吸收，而且是被Supreme Hunter吞噬。

首先，游戲過場中Cross在感染者的感染視覺中呈現被感染的亮黃色，表示Cross已被感染；再者，Prototype／偽Alex Mercer與Cross兩人在過場中討論他被寄生的經過時，Cross問Prototype「有沒有想過寄生體是否有感覺」這件事，可以推測出Cross與寄生體／病原體／Supreme Hunter的關聯。同時，「寄生體是否有感覺」這句話透露出Supreme Hunter和Prototype一樣具有個體意識，不受Greene／感染者集體意識操控－－它與Prototype合作消滅Elizabeth Greene與軍隊，是出自個體利益與自我生存的考量:除去潛在的操控者（Greene）與威脅（軍方）后，再吞噬Prototype，Supreme Hunter便能擁有獨一無二的力量，確保自己的生存。

游戲的結局就這樣沒了？ Dana Mercer呢？

游戲的尾聲，Prototype認清了自己并非Alex Mercer，也不僅是Alex Mercer；他自認承載所有被吞噬者的記憶，也背負起所有被吞噬／殺害者的性命，并一肩扛起Alex Mercer感染Penn Station乃至全紐約的罪孽。 Dana Mercer狀況不明，不過既然Prototype已經認清自己不是Alex Mercer／Dana Mercer的兄長，會刻意回避Dana是可以理解的。

Prototype雖然暫時脫離軍方掌控，但Blackwatch／軍方手中仍然有Elizabeth Greene之子，Pariah，Blacklight的研究仍可繼續。