所謂系統目錄就是指操作系統的主要文件存放的目錄，目錄中的文件直接影響到系統是否正常工作，了解這些目錄的功能，相信對你更好的使用系統會有很大的幫助。以下介紹的目錄若不做特殊說明，在Win 98/ME系統下，它們在Windows目錄中，在Win 2000系統下，他們在Win NT目錄中。

　　All Users文件夾:

　　Win 98/ME所有用戶文件夾，里面里面包括系統缺省登錄時的桌面文件和開始菜單的內容。

　　Win 2000在Win 2000的系統目錄中沒有這個文件夾，Win 2000將用戶的信息放在根目錄下的Documents and Settings文件夾中，每個用戶對應一個目錄，包括開始菜單、桌面、收藏夾、我的文檔等等。

　　Application Data文件夾:

　　Win 98/ME應用程序數據文件夾。包括任務欄中的快捷方式，輸入法的一些文件等等。根據你系統中使用不同的軟件，該目錄中的內容也有所不同。

　　Win 2000在Documents and Settings文件夾中，每個用戶都對應一個Application Data文件夾，同樣每個用戶由于使用的軟件不同，目錄內容也相同。

　　Applog文件夾:

　　Win 98/ME應用程序邏輯文件目錄。邏輯文件是用來記錄應用軟件在運行時，需要調用的文件、使用的地址等信息的文件。要查看這些文件，用記事本打開即可。

　　Catroot文件夾:

　　Win 98計算機啟動測試信息目錄，目錄中包括的文件大多是關于計算機啟動時檢測的硬軟件信息。

　　Win ME該文件夾位于系統目錄的system目錄中。

　　Win 2000該文件夾位于系統目錄的system32目錄中。

　　Command文件夾:

　　Win 98/ME DOS命令目錄。包括很多DOS下的外部命令，雖說都是些小工具，但真的很好用，特別是對于系統崩潰時。

　　Win 2000這些DOS命令位于系統目錄的system32目錄中。

　　Config文件夾:

　　Win 98/ME/2000配置文件夾，目錄中包括一些MIDI樂器的定義文件。

　　Cookies文件夾:

　　Win 98/ME Cookies又叫小甜餅，是你在瀏覽某些網站時，留在你硬盤上的一些資料，包括用戶名、用戶資料、網址等等。

　　Win 2000每個用戶都有一個Cookies文件夾，位于Documents and Settings文件夾的每個用戶目錄中。

　　Cursors文件夾:

　　Win 98/ME/2000鼠標動畫文件夾。目錄中包括鼠標在不同狀態下的動畫文件。

　　Desktop文件夾:

　　Win 98/ME桌面文件夾。包括桌面上的一些圖標。

　　Win 2000這個文件夾在系統目錄中也存在，同時在Documents and Settings文件夾的每個用戶目錄中還有"桌面"文件夾。